多要素認証（MFA）を設定する時に、
MFAコード1
MFAコード2
という項目がある。 これは、仮想MFAデバイス（自分はiPhoneのGoogle Authenticatorを使用）開いた時に表示されているコードを１つ目の項目に入力して、しばらく待って次のコードが表示されたら、それを二つ目の項目に入力すれば良い。
最初、その事が分からず、Authenticatorにawsの設定を二つ追加して、それを入力するものと勘違いしていた。
こちらのブログ記事に一通り設定の流れが丁寧に書かれている。 AWSアカウントの2段階認証を設定する
